Sinópse:

A série foi baseada no sucesso de 1997 Men In Black e continuou onde o filme parou, mas com algumas pequenas alterações. Agente K permaneceu como agente e parceiro para Agente J ( As memórias de K foram restaurados em um caso invisível ''Filme 2'' ). agente L foi transferido para o laboratório dentro MiB Brooklyn-Battery Tunnel, mas agora no que parecia ser uma área abandonada no aeroporto LaGuardia. Estas diferenças são, possivelmente, abordada em um episódio da série. Houve algumas outras diferenças nas aparições em personagens do cartoon. agente L tinha cabelos loiros e um penteado diferente, agente J não tem o bigode, Edgar bug (em uma seqüência Flashback) foi dada uma aparência que lembrava o seu olhar na adaptação em quadrinhos do filme, e Zed no filme tinha cabelo preto e um cavanhaque, enquanto que na série tinha cabelos brancos e sem cavanhaque. Zed olhos eram dramaticamente sombreada para dar uma impressão de falta de sono.

Alguns episódios foram baseados no enredo do filme, e trouxe de volta personagens como o Bug, e os Arquillians, ainda que estes são retratados como pacífica e benevolente. MIB: A série em si tinha um plano de longa duração onde a Men In Black lutou conta Alpha, um Ex chefe antigo da MIB que já tinha sido amigo do Agente K e mentor. Eventualmente, Alpha virou malvado e ganancioso e procurou alcançar a imortalidade, assimilando raras partes de corpos de estranho alienígenas em seu corpo. Ele voltou várias vezes e sua aparência cresceu grislier cada vez com a ajuda do "Cosmic Integrator", um dispositivo que deixá-lo combinar apêndices alheio a seu próprio corpo.

Em última análise, a fórmula enredo básico foi para o MIB para proteger a Terra do mal, e isso se estendia para manter a paz por toda a galáxia. Tecnologia, bem como a política e manutenção da paz intergaláctica desempenhou um papel, juntamente com a atividade criminal comum em um nível de ficção científica.

Além de agente Kay, os membros fundadores da MIB foram agentes T, H, Q e D (primeiro parceiro Kay do primeiro filme).

Um clichê na série foi uma cena em que parece que agente K foi morto de alguma maneira terrível, apenas para ser comprovada vivo no final do episódio. Além disso, arma principal agente J é "Cricket o Noisy" que soa não como um grilo cantando e que J não se acostumou ao chute que ele cria. Na segunda temporada, Jay atualizado a arma com um silenciador que limitou os chutes violentos.